Το εργαστήριο ξεκίνησε τη λειτουργία του το 1979.
Οι πρώτοι μαθητές του ήταν υποψήφιοι της Σχολής Καλών Τεχνών με δασκάλα τη Ναταλία Θωμαΐδη. Πολλοί από αυτούς σήμερα έχουν να επιδείξουν σημαντικό έργο στο χώρο της τέχνης και της εκπαίδευσης.
Το 1995 το εργαστήριο διευρύνει τη λειτουργία του με την προσθήκη του γραμμικού σχεδίου και τη συνεργασία του αρχιτέκτονα Νίκου Τσακαλίδη και της ζωγράφου Ελευθερίας Ζαχαριάδη.
Από τότε απευθύνεται, εκτός από τους υποψήφιους της Σχολής Καλών Τεχνών, και στους υποψήφιους της αρχιτεκτονικής.
Το εργαστήριο της Ναταλίας Θωμαΐδη επί 30 χρόνια παρέχει, σύμφωνα με τις αρχές του, δομημένη, σταθερή και άρτια εκπαίδευση.